นางเอกสิริ ปิณฑะรุจิ ได้รับโปรดเกล้าให้ดำรงตำแหน่งปลัดกระทรวงการต่างประเทศเมื่อเดือนมกราคม ๒๕๖๗ โดยก่อนหน้านั้น นางเอกสิริฯ ได้ดำรงตำแหน่งเอกอัครราชทูต ณ กรุงเฮก เอกอัครราชทูตและผู้แทนถาวรไทยประจำสหประชาชาติ ณ นครเจนีวา และอธิบดีกรมองค์การระหว่างประเทศ ตามลำดับ

นางเอกสิริฯ เข้ารับราชการในกระทรวงการต่างประเทศเมื่อปี ๒๕๓๗ โดยได้ทำงานในหลายกรม/สำนัก ได้แก่ กรมเศรษฐกิจระหว่างประเทศ สำนักงานรัฐมนตรี กรมเอเชียตะวันออก และสำนักนโยบายและแผน นอกจากนั้น นางเอกสิริฯ ได้ออกประจำการในต่างประเทศที่สถานเอกอัครราชทูต ณ กรุงโซล และคณะผู้แทนถาวรไทยประจำสหประชาชาติ ณ นครเจนีวา

นางเอกสิริฯ มีประสบการณ์การทำงานอย่างกว้างขวางในด้านสิทธิมนุษยชน การพัฒนาที่ยั่งยืน การค้าระหว่างประเทศ และการทูตพหุภาคี

นางเอกสิริฯ จบการศึกษาระดับปริญญาโทด้านการทูต (Master of Science in Foreign Service) จากมหาวิทยาลัย Georgetown สหรัฐอเมริกา และปริญญาตรีด้านความสัมพันธ์ระหว่างประเทศ จากจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย