เมื่อวันที่ ๑๘ มกราคม ๒๕๕๖ นายสุรพงษ์ โตวิจักษณ์ชัยกุล รองนายกรัฐมนตรีและรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศให้สัมภาษณ์สื่อมวลชนกรณีการจับกุมตัวชาวโรฮิงญากลุ่มต่าง ๆ ที่ลักลอบเข้ามาในไทยว่า บุคคลเหล่านี้ถือเป็นผู้ลักลอบเข้าเมืองผิดกฎหมาย จึงต้องปฏิบัติตามกฎหมายของไทยที่เกี่ยวข้อง และหน่วยงานของไทยยังคงยึดแนวปฏิบัติต่อผู้ลักลอบเข้าเมืองทางทะเลที่มีอยู่ แต่จะพิจารณาใช้ความยืดหยุ่นตามสถานการณ์ โดยเฉพาะในการปฏิบัติต่อกลุ่มเด็กและสตรี รวมทั้งไทยจะตรวจสอบคัดแยกเหยื่อการค้ามนุษย์และจำแนกความผิด   ของผู้มีส่วนร่วมตามกฎหมายของไทยที่เกี่ยวข้อง ซึ่งนายกรัฐมนตรีได้ให้นโยบายอย่างชัดเจนในเรื่องนี้ โดยย้ำให้   ส่วนราชการที่เกี่ยวข้องคำนึงถึงหลักมนุษยธรรม โดยเฉพาะในการให้ความช่วยเหลือเบื้องต้นแก่บุคคลที่ถูกจับกุมตัว

ทั้งนี้ ไทยได้วางมาตรการดูแลผู้ลักลอบเข้าเมืองชาวโรฮิงญากลุ่มต่าง ๆ ดังกล่าว โดยแบ่งเป็นมาตรการเฉพาะหน้าและมาตรการระยะยาว มาตรการเฉพาะหน้า คือ การให้ส่วนราชการที่เกี่ยวข้องดูแลผู้ที่ถูกจับกุมตัวทั้งหมดไปพลางก่อน โดยใช้งบประมาณของต้นสังกัด สำหรับมาตรการระยะยาวนั้น เมื่อวันที่ ๑๔ มกราคม ๒๕๕๖ กระทรวงการต่างประเทศได้ประชุมร่วมกับสำนักงานเลขาธิการสภาความมั่นคงแห่งชาติ (สมช.) และส่วนราชการที่เกี่ยวข้องเพื่อหารือเรื่องนี้ โดยที่ประชุมได้มอบหมายให้กระทรวงการต่างประเทศดำเนินการดังนี้ ๑)  เจรจากับประเทศต้นทางและประเทศอื่นที่เกี่ยวข้องเพื่อร่วมกันแก้ไขปัญหาอย่างยั่งยืน ๒) หารือกับองค์การระหว่างประเทศด้านมนุษยธรรม เช่น องค์การระหว่างประเทศเพื่อการโยกย้ายถิ่นฐาน (IOM)  สำนักงานข้าหลวงใหญ่ผู้ลี้ภัยแห่งสหประชาชาติ (UNHCR) และกองทุนเพื่อเด็กแห่งสหประชาชาติ (UNICEF) เพื่อร่วมกันช่วยเหลือชาวโรฮิงญาที่อยู่ในความดูแลของไทยและหาแนวทางการดำเนินการที่เหมาะสม โดยคำนึงถึงอธิปไตยของไทย และ ๓) ประสานงานกับส่วนราชการที่เกี่ยวข้องให้จัดทำแผนงานและงบประมาณสำหรับการดำเนินการต่อไป และจัดส่งให้ สมช.  เพื่อบูรณาการ

ล่าสุด เมื่อวันที่ ๑๕ - ๑๖ มกราคม ๒๕๕๖ กระทรวงการต่างประเทศได้หารือเบื้องต้นกับ IOM และ UNHCR เกี่ยวกับความร่วมมือในการให้ความช่วยเหลือแก่ชาวโรฮิงญาที่ถูกจับกุมตัวในไทย โดยไทยขอกำหนดบทบาทขององค์การระหว่างประเทศในเรื่องนี้ โดยจะต้องเป็นไปตามหลักกฎหมายและอธิปไตยของไทย ซึ่งทุกฝ่ายยอมรับในแนวทางดังกล่าว และได้แสดงความพร้อมที่จะหารือรายละเอียดกับกระทรวงการต่างประเทศต่อไป ทั้งนี้       กระทรวงการต่างประเทศมีโครงการนำผู้แทนองค์การระหว่างประเทศดังกล่าวไปเยี่ยมชาวโรฮิงญากลุ่มต่าง ๆ ที่อยู่ในความดูแลของไทย เพื่อให้รับทราบว่า ไทยได้ดูแลบุคคลเหล่านี้อย่างทั่วถึงและเหมาะสม ในการนี้ รองนายกรัฐมนตรีฯ ได้กล่าวขอบคุณสมาคมชาวมุสลิมจังหวัดสงขลาที่ได้บริจาคเงินและสิ่งของเพื่อช่วยเหลือ                    ชาวโรฮิงญากลุ่มต่าง ๆ ซึ่งเป็นการแสดงถึงน้ำใจที่คนไทยมีต่อผู้ตกทุกข์ได้ยากเสมอมา